Vĩnh Trị là địa danh xuất hiện tương đối sớm so với bối cảnh lịch sử chung của vùng Đồng Tháp Mười. Theo sách Gia Định thành thông chỉ của Trịnh Hoài Đức thì trước thế kỷ XVII, cả vùng đất Nam Bộ ngày nay đều là vùng rừng rậm hoang vu, thưa thớt dấu chân người. Từ đầu thế kỷ XVII, có những nhóm lưu dân người Việt từ miền Bắc. miền Trung vào Nam khai khẩn đất đai, lập thành làng xóm. Vùng Đồng Tháp Mười ngày nay do điều kiện về vị trí và đất đai nên được khai phá muộn hơn so với những vùng đất khác. Vi thể, mãi đến đầu. thế kỷ XIX, ở vùng này mới xuất hiện những thôn xã đầu tiên. Riêng vùng đất Vĩnh Trị nằm ở vùng xa xôi, hoang vắng nên tiến trình khẩn hoang lập làng chậm hơn. Mãi đến năm 1875, địa danh Vĩnh Trị chính thức xuất hiện trên bản đồ đất nước Việt Nam vào với vai trò là một làng thuộc tổng Mộc Hóa, hạt Tân An và sau này là tỉnh Tân An. Tính đến năm 2010, địa danh Vĩnh Trị đã có bề dày lịch sử 135 năm. Hơn 1 thế kỷ tồn tại và phát triển của mình, Vĩnh Trị đã có nhiều đổi về địa giới hành chính.

Năm 1916, chính quyền thuộc địa nâng tổng Mộc Hóa lên thành quận trực thuộc tỉnh Tân An, bao gồm 2 tổng là: Thạnh Hòa Thượng và Thạnh Hòa Hạ. Lúc bấy giờ, Vĩnh Trị là 1 trong 9 làng thuộc tổng Thạnh Hòa Thượng, quận Mộc Hóa, tỉnh Tân An. Trong thời kỳ chín năm kháng chiến chống Pháp, cách mạng hầu như làm chủ vùng Đồng Tháp Mười. Ranh giới các làng, trong đó có làng Vĩnh Trị (từ 1948 gọi là xã) vẫn được chính quyền cách mạng giữ nguyên cho đến 1954.

Từ sau khi Hiệp định Geneve được ký kết (20/7/1954) đến đầu năm 1956, xã Vĩnh Trị vẫn thuộc tổng Thạnh Hòa Thượng, quận Mộc Hóa, tỉnh Tân An. Đến ngày 17/2/1956, ngụy quyền nâng Mộc Hóa thành tỉnh. Ngày 22/10/1956, tỉnh Mộc Hóa được đổi tên thành tỉnh Kiến Tường. Theo Nghị định số 136-BNV/HC/NĐ của ngụy quyền Sài Gòn, tỉnh Kiến Tường được phân chia thành 3 quận là: Châu Thành, Tuyên Bình và Ấp Bắc. Trong đó, xã Vĩnh Trị thuộc tổng Thạnh Hòa Thượng, quận Tuyên Bình, tỉnh Kiến Tường. Ngày 7/6/1958, ngụy quyền Sài Gòn tiếp tục ra nghị định số 290/BNV/HC/P6, điều chỉnh địa giới hành chánh của tỉnh Kiến Tường. Theo nghị định này, tỉnh Kiến Tường gồm có 4 quận là Châu Thành, Tuyên Bình, Kiến Bình và Tuyên Nhơn, trong đó, xã Vĩnh Trị thuộc địa phận tổng Tuyên Bình Trung, quận Tuyên Bình.

Về phía cách mạng, từ tháng 7/1957, ta cũng thành lập tỉnh Kiến Tường gồm 4 vùng là vùng 2, vùng 4, vùng 6, vùng 8 tương ứng với quận Châu Thành, Kiến Bình, Tuyên Nhơn và Tuyên Bình của địch. Trong đó, xã Vĩnh Trị là 1 trong 10 xã thuộc Vùng 8, tỉnh Kiến Tường. Cách phân chia này tồn tại đến 3/1976.

Sau ngày giải phóng miền Nam, đến tháng 3/1976, tỉnh Kiến Tường được giải thể và trở thành huyện Mộc Hóa, thuộc tỉnh Long An. Từ tháng 3/1976 đến tháng 3/1978, xã Vĩnh Trị là 1 trong 29 xã trực thuộc huyện Mộc Hóa. Ngày 30/3/1978, phần đất phía tây bắc huyện Mộc Hóa được tách ra để thành lập một huyện mới, lấy tên là huyện Vĩnh Hưng. Lúc Bấy giờ, Vĩnh Trị là 1 xã trực thuộc huyện Vĩnh Hưng, tỉnh Long An.

Năm 1989, một phần đất của xã Vĩnh Trị được tách ra để thành lập thị trấn mới Vĩnh Hưng, nhưng chỉ là tách lâm thời, đến 1991 có quyết định chính thức- Quyết định số 607/TCCP của Bộ trưởng Trưởng ban Tổ chức Cán bộ Chính phủ ngày 23/11/1991, theo đó, 510 ha diện tích tự nhiên của xã Vĩnh Trị được tách ra để thành lập thị trấn Vĩnh Hưng. Diện tích tự nhiên của xã Vĩnh Trị lúc này còn lại 11.365,4 ha, dân số 3.228 nhân khẩu. Ngày 24/3/1994, theo Nghị định số 27-CP của Chính phủ, một phần diện tích tự nhiên của xã Vĩnh Trị và các xã Vĩnh Thạnh, Vĩnh Lợi lại được cắt ra để thành lập xã mới Vĩnh Thuận. Xã Vĩnh Trị còn lại 5.861,68 ha có 1.561 hộ với  5.724 nhân khẩu. Từ đó, địa giới xã Vĩnh Trị được giữ nguyên cho đến ngày nay.